Das Gelände, auf dem die Geschwister-Scholl-Schule erbaut wurde, gehörte früher zur Staatlichen Domäne Ziehers. Das Herrenhaus, die großen Ställe und die Scheunen der Domäne standen auf dem Gelände der heutigen Rabanus-Maurus-Schule (Domgymnasium). Die Domäne hörte 1954 auf zu bestehen, die Gebäude, im Barockstil erbaut, wurden 1964/65 abgerissen. Schon 1953 hatte die Stadt Fulda das Gelände aufgekauft und als Siedlungsgebiet „Ziehers-Nord“ zur Verfügung gestellt. Der neue Stadtteil sollte einmal rund 3.500 Einwohner haben.

Am 11. November 1959 beschloss der Magistrat der Stadt Fulda im Rahmen seines Schulbauprogramms, auch in Ziehers-Nord eine Volksschule zu errichten. Dieser Beschluss wurde 1961 noch einmal bestätigt und das entsprechende Raumprogramm gebilligt. Am 28. Juni 1963 erfolgte die Grundsteinlegung. Nach einem knappen Jahr konnte am 12. Mai 1964 bereits das Richtfest gefeiert werden. Der Innenausbau schritt zügig voran, so dass bereits am 12. Oktober 1964 die ersten Schüler das neue Gebäude beziehen konnten. Die Schule blieb aber Außenstelle der Marquardschule.

Am 1. April 1965 wurde die Geschwister-Scholl-Schule selbständige Schule. Die Einweihung der Geschwister-Scholl-Schule am 26. Mai 1966 gestaltete sich zu einer würdigen Gedenkfeier.

• 1965 - 1972 Willy Rübsam, Rektor
• 1973 - 1986 Gerhard Noll, Rektor
• 1986 - 2005 Franz Ruprecht, Rektor
• 1987 - 2010 Hermann-Josef Schwarz, Konrektor
• 2005 - 2009 Thomas Junk, Rektor
• 2009 - 2014 Silke Michael, Rektorin
• seit 2010 Michael Krönung, Rektor (Konrektor von 2010 - 2015)